Hasil Pemeriksaan Dengan Tujuan Tertentu atas Pendapatan Daerah Kota Ternate Tahun 2009 (s.d September) telah diserahkan Plt. Kepala Perwakilan Provinsi Maluku Utara Rudi Irwanto H. Sinaga, S.E., MBA., Ak., CFE. kepada Walikota Ternate, Drs. H. Syamsir Andili, Wakil Ketua DPRD, Asrul Rasyid Ichsan, S.T (Mewakili Pimpinan Dewan) dan Kepala Inspektorat, Salim Katija di Ruang Rapat Kalan Lt. 2 gedung Perwakilan Provinsi Maluku Utara, Jl. Jati Lurus Ternate, (7/12).
Ruang lingkup pemeriksaan tersebut meliputi realisasi Pendapatan Asli Daerah dan Dana Perimbangan sampai dengan bulan September 2009 sebesar Rp306.666.202.273,00 atau 99,62% dari total realisasi Pendapatan Asli Daerah dan Dana Perimbangan sampai dengan bulan September 2009 sebesar Rp307.826.618.204,00.
Dalam sambutannya, Plt. Kepala Perwakilan Provinsi Maluku Utara menyampaikan bahwa Laporan Realisasi Pendapatan Daerah sampai dengan bulan September 2009 telah disajikan secara wajar sesuai dengan Standar Akuntansi Pemerintah (SAP) tetapi pengelolaan pendapatan daerah belum sepenuhnya patuh terhadap peraturan perundangan, dan efektifitas sistem pengendalian intern dalam pengelolaan dan pertanggungjawaban pendapatan daerah belum memadai untuk mencapai tujuan pengendalian. Selain itu juga terdapat temuan yang perlu mendapat perhatian dari Pemerintah Kota Ternate dan diharapkan dapat ditindaklanjuti dengan segera diantaranya adalah Pemerintah Kota Ternate kurang menerima Pendapatan Daerah atas Retribusi Pasar Rp525.604.987,08; pajak reklame Rp126.813.750,00; denda keterlambatan pajak reklame Rp48.857.342,00; retribusi Izin Mendirikan Bangunan (IMB) Rp84.732.148,75; potensi kehilangan Pendapatan Daerah Rp286.874.525,00; pengelolaan pajak hotel dan restoran yang tidak sesuai dengan Peraturan Daerah; penerimaan pajak hotel belum disetor oleh Pengusaha Hotel Rp170.444.446,00 serta indikasi kurang dipungut minimal Rp522.717.918,00 dan terdapat kekurangan penerimaan atas pajak restoran Rp283.409.678,00.