BPK RI Perwakilan Provinsi Maluku Utara telah menyerahkan Laporan Hasil Pemeriksaan (LHP) BPK RI atas Laporan Keuangan Pemerintah Daerah (LKPD) Provinsi Maluku Utara TA 2011. LHP ini diserahkan oleh Auditor Utama Keuangan Negara (Tortama) VI, Sjafrudin Mosii, kepada Ketua DPRD Provinsi Maluku Utara, Syaiful Bahri Ruray, dan Gubernur Maluku Utara, Thaib Armayn. Untuk TA 2011, LKPD Provinsi Maluku Utara mendapatkan opini tidak menyatakan pendapat (disclaimer). Opini tersebut sama dengan opini yang diberikan untuk LKPD TA 2010.
Dalam sambutannya Tortama VI mengatakan bahwa terdapat akun-akun yang menjadi permasalahan pada LKPD TA 2011 yaitu Saldo kas di kas daerah dan saldo kas di Bendahara Pengeluaran. Pengelolaan akun kas tersebut tidak tertib, yakni tidak melakukan rekonsiliasi antara BKU dengan rekening Koran serta Pemerintah Provinsi Maluku Utara tidak menyelenggarakan register pertanggungjawaban penggunaan dana bendahara pengeluaran yang meliputi register SP2D, register SPJ dan register penyetoran sisa kas; Saldo persediaan, dalam menyajikan nilai persediaan Pemerintah Provinsi Maluku Utara tidak menerapkan system pengendalian internal yang memadai, yakni tidak semua pengelola persediaan menyelenggarakan buku persediaan, kartu kendali/kartu stok, melakukan inventarisasi fisik persediaan akhir tahun; Saldo aset tetap, yakni Pemerintah Provinsi Maluku Utara belum melakukan penilaian kembali seluruh aset tetap sesuai dengan nilai wajar; Saldo utang PFK, yakni jumlah utang tersebut tidak didukung dengan bukti yang lengkap dan sah; Realisasi belanja barang dan jasa, yakni realisasi belanja barang dan jasa pada sejumlah SKPD belum didukung oleh bukti pertanggungjawaban yang lengkap dan sah; dan Belanja modal, yakni terdapat kegiatan pembebasan tanah yang tidak memuat rincian detail tanah serta terdapat sejumlah tanah yang tidak memiliki sertifikat hak atas tanah dan/atau dokumen asli kepemilikan dan penguasaan tanah. Lebih lanjut Tortama VI juga mengatakan BPK menemukan beberapa kelemahan dalam Sistem Pengendalian Internal (SPI) dan temuan atas kepatuhan terhadap peraturan perundang-undangan. Sesuai dengan Undang-undang Nomor 15 Tahun 2004 tentang Pemeriksaan dan Tanggung Jawab Keuangan Negara pasal 20 maka Pemerintah Daerah wajib menindaklanjuti hasil pemeriksaan BPK RI dalam waktu selambat-lambatnya 60 hari sejak LHP diterima.
Sampai dengan bulan Juli 2012, BPK RI Perwakilan Provinsi Maluku Utara telah menyerahkan 6 LHP atas pemeriksaan LKPD TA 2011. Dua LKPD mendapatkan opini Wajar Dengan Pengecualian (WDP), dan empat LKPD mendapatkan opini Tidak Menyatakan Pendapat (TMP).
